El desenvolupament del tercer cicle dins de la construcció de l'Espai Europeu d'Educació Superior (EEES) ha de tenir presents les noves bases de l'Agenda Revisada de Lisboa, així com la construcció de l'Espai Europeu d'Investigació (EEI) i els objectius traçats per aquest en el Llibre Verd de 2007.
Fent una mica d'història, en el comunicat de Berlín (2003) es tracta, dins de les accions addicionals, el paper del doctorat en la relació entre l'EEES i el EEI. En el comunicat de la Conferència de Bergen (2005) es considera que els participants de programes de doctorat no són només estudiants sinó investigadors en formació. Els drets dels doctorands com a investigadors en formació es recullen en les bases de la Carta Europea d'Investigador i en el Codi de Conducta de la contractació d'investigadors de març de 2005.
Aquest Reial decret estableix alguns canvis significatius respecte l'esborrany anterior. Cal destacar, que la Universitat torna a ser la institució fonamental, com a garantia que el Doctorat és una etapa més de l'Educació Superior establint que les Escoles de doctorat realitzaran les funcions d'organització i gestió.
Podem destacar del text definitiu el següent:
"S'entén per Escola de Doctorat la Unitat creada per una o diverses universitats i en possible col•laboració amb altres organismes, centres, institucions i entitats (evita en el text la paraula empresa) amb activitats d'R + D + i, nacionals o estrangeres, que té per objecte fonamental l’organització dins del seu àmbit de gestió del doctorat, en una o diverses branques de coneixement o amb caràcter interdisciplinari. El director de l'Escola de doctorat serà nomenat pel rector o acord entre rectors. Serà un investigador de reconegut prestigi d'una de les universitats o institucions promotores. Haurà de tenir tres sexennis o mèrits equiparables (No s'especifica com i qui avaluarà els mèrits equiparables. Diu institucions, no organismes, centres o entitats, de manera que se suposa que vol dir membres d'organismes públics d'investigació)".
La tasca de tutorització del doctorat i direcció de tesis s'ha de recollir com a part de la dedicació docent i investigadora del professorat. La durada dels estudis de doctorat serà d'un màxim de tres anys amb dedicació a temps complet, i cinc anys a temps parcial (amb les seves pròrrogues corresponents).
Els programes de doctorat inclouran aspectes organitzats de formació investigadora que no es requerirà la seva estructuració en crèdits ECTS (s'entén que no tenen perquè existir els cursos de doctorat i desapareix el DEA).
Es defineixen les competències bàsiques que haurà d'adquirir el doctorand.
El Coordinador del Programa de Doctorat serà designat pel rector o l'acord de rectors quan es tracti de programes conjunts. I aquest, ha d'haver dirigit dues tesis i tenir dos sexennis.
Els programes de doctorat hauran de ser verificats pel Consell d'Universitats i autoritzats per les comunitats autònomes.
Les persones incorporades en un programa de doctorat se sotmetran al règim jurídic, si s'escau contractual, que resulti de la legislació específica que els sigui d'aplicació (ja no introdueix el contracte en pràctiques com deia en l'esborrany anterior i estarem pendents de revisar la redacció final de la Llei de la Ciència).
Per accedir al programa de doctorat cal estar en possessió dels títols oficiales de Grau o equivalent i Màster Universitari, i en els casos que indica el RD.
Les universitats, a través de la Comissió Acadèmica del programa, podran establir criteris i requisits addicionals per a la selecció i l'admissió. Podran incloure l'exigència de complements de formació específics.
La Comissió Acadèmica serà integrada per doctors i serà designada per la universitat, d'acord amb el que estableix la seva normativa, estatuts i convenis de col•laboració, podent integrar-se en la mateixa investigadors d'Organismes Públics d'Investigació així com d'altres entitats (en tot el document s'intenta evitar, al màxim, la paraula empresa) i institucions implicades en l'I + D + i tant nacional com internacional.
A la finalització del primer any s’elaborarà el pla de recerca, que anualment la comissió acadèmica avaluarà.
S'estableixen els criteris per a la Menció Internacional nacional (que són bastant assumibles i contemplen diferents opcions).
En les addicionals específiques per als doctorands d’anteriors ordenacions diu: "El règim relatiu a tribunal, defensa i avaluació de la tesi doctoral previst pel present RD és aplicable a aquests estudiants a partir d'un any de l'entrada en vigor. Disposaran de cinc anys per a la presentació i defensa de la tesi ".
Els annexos I i II tracten de la Memòria i els criteris d'avaluació per a la verificació dels programes de doctorat.